Run WRF-Chemv3.7 with PREP-CHEM-SRC v1.3.2

Any issues with running WRF Chemistry

Run WRF-Chemv3.7 with PREP-CHEM-SRC v1.3.2

Postby alba_badia » Tue May 19, 2015 4:21 am

Hi all!

I am running the new WRF-Chem v3.7 with the new PREP-CHEMv1.3.2. The compilation is successful for both WRF-Chem and PREP-CHEM. The problem is when I run convert_emiss.exe that creates the emission files (wrfchemi_d01, wrf_gocart_backg, wrffirechemi, etc) without any variable in it.

Anyone has the same problem? Any idea what is happening?

My namelist looks like:

...
interval_seconds = 21600,
input_from_file = .true.,.true.,.false.,
history_interval = 60, 60, 60,
!frames_per_outfile = 1000, 1000, 1000,
frames_per_outfile = 1., 1000, 1000,
restart = .false.,
restart_interval = 5000,
io_form_history = 2,
io_form_restart = 2,
io_form_input = 2,
io_form_boundary = 2,
auxinput1_inname = "met_em.d<domain>.<date>",
auxinput5_inname = 'wrfchemi'
auxinput6_inname = 'wrfbiochemi_d01',
auxinput7_inname = 'wrffirechemi',
auxinput8_inname = 'wrfchemi_gocart_bg',
auxinput12_inname = 'wrf_chem_input',
auxinput13_inname = 'wrfchemv',
auxinput5_interval_m = 1440, 1440,
auxinput7_interval_m = 1440, 1440,
auxinput8_interval_m = 1440, 1440,
auxinput13_interval_m = 1440, 1440,
io_form_auxinput2 = 2,
io_form_auxinput5 = 2,
io_form_auxinput6 = 0,
io_form_auxinput7 = 0,
io_form_auxinput8 = 0,
io_form_auxinput12 = 0,
io_form_auxinput13 = 0,
frames_per_auxinput5 = 1, 1,
frames_per_auxinput7 = 1, 1,
frames_per_auxinput8 = 1, 1,
...

Cheers!!
alba_badia
 
Posts: 11
Joined: Tue May 19, 2015 4:08 am

Re: Run WRF-Chemv3.7 with PREP-CHEM-SRC v1.3.2

Postby Schuch » Thu May 21, 2015 5:17 am

Hi Alba

To use input files in wrf, you need to set in the namelist the "io_form_auxinputN = 2", before run 'real.exe' for your chemestry run

cya
Schuch
 
Posts: 15
Joined: Mon Mar 30, 2015 7:19 pm

Re: Run WRF-Chemv3.7 with PREP-CHEM-SRC v1.3.2

Postby alba_badia » Thu May 21, 2015 5:24 am

Hi Schuch,

Thank you for your answer!
What do you mean set in the namelist "io_form_auxinputN = 2"?

In the namelist I define:

io_form_auxinput2 = 2,
io_form_auxinput5 = 2,

Which other "io_form_auxinput..." I need to set up to "2"?

Cheers,

Alba
alba_badia
 
Posts: 11
Joined: Tue May 19, 2015 4:08 am

Re: Run WRF-Chemv3.7 with PREP-CHEM-SRC v1.3.2

Postby alba_badia » Thu May 21, 2015 11:39 am

Even if I change all io_form_auxinputN =2 I got the same result.

When I debug the model I get this message for all the emission files:

Information: NOFILL being set for writing to wrfchemi_d01

Any idea what I am missing?

Cheers,

Alba
alba_badia
 
Posts: 11
Joined: Tue May 19, 2015 4:08 am

Re: Run WRF-Chemv3.7 with PREP-CHEM-SRC v1.3.2

Postby Schuch » Thu May 21, 2015 9:50 pm

Send us more information like your namelists and a error list

The wrffirechemi, emissopt3, emissfire_d01,emissopt3_d01 and volc_d01 are intermediary files used by convert_emiss.exe, maybe the problem is your prep_chem_sources.inp

Do you check the netCDF files for each domain? (wrfinput_d01, wrfbdy_d01,wrfchemi_gocart_bg_d01 and wrfchemi_d01)

Do you try to use anthro_emiss instead of prep_chem + convert_emiss? with invantary are u usind?
Schuch
 
Posts: 15
Joined: Mon Mar 30, 2015 7:19 pm

Re: Run WRF-Chemv3.7 with PREP-CHEM-SRC v1.3.2

Postby alba_badia » Fri May 22, 2015 5:30 am

The netCDF (wrfinput_d01, wrfbdy_d01,wrfchemi_gocart_bg_d01) files look fine.
I am using convert_emiss.exe for the previous version (3.6.1) and everything works fine, so wrffirechemi, emissopt3, emissfire_d01,emissopt3_d01 and volc_d0 are created without any problem. Then, the problem is not in the prep_chem_sources.inp.

Is there any difference in the namelist from version 3.6.1 and version 3.7? Do I need to include any other parameter in the namelist? I am using the same namelist for both versions.

The size of convert_emiss.exe is different for both versions:

-rwxr-xr-x 1 rnz14jdu env 76M May 21 17:20 ../test/em_real/TEST/convert_emiss.exe_v361
-rwxr-xr-x 1 rnz14jdu env 81M May 21 20:58 ../test/em_real/TEST/convert_emiss.exe_v37

My namelist looks like:


Code: Select all
&time_control
 run_days                            = 5,
 run_hours                           = 0,
 run_minutes                         = 0,
 run_seconds                         = 0,
 start_year                          = 2010, 2010, 2000,
 start_month                         = 07,   07,   01,
 start_day                           = 14,   14,   24,
 start_hour                          = 00,   00,   12,
 start_minute                        = 00,   00,   00,
 start_second                        = 00,   00,   00,
 end_year                            = 2010, 2010, 2000,
 end_month                           = 07,   07,   01,
 end_day                             = 19,   16,   25,
 end_hour                            = 00,   00,   12,
 end_minute                          = 00,   00,   00,
 end_second                          = 00,   00,   00,
 interval_seconds                    = 21600,
 input_from_file                     = .true.,.true.,.false.,
 history_interval                    = 60,  60,   60,
 frames_per_outfile                  = 1000, 1000, 1000,
 restart                             = .false.,
 restart_interval                    =    0,
 io_form_history                     = 2,
 io_form_restart                     = 2,
 io_form_input                       = 2,
 io_form_boundary                    = 2,
 auxinput6_inname                    = 'wrfbiochemi_d01',
 auxinput7_inname                    = 'wrffirechemi_d<domain>',
 auxinput8_inname                    = 'wrfchemi_gocart_bg_d<domain>',
 auxinput12_inname                   = 'wrf_chem_input',
 auxinput13_inname                   = 'wrfchemv_d<domain>',
 auxinput5_interval_m                = 86400, 86400, 60,
 auxinput7_interval_m                = 86400, 86400, 60,
 auxinput8_interval_m                = 86400, 86400, 60,
 auxinput13_interval_m               = 86400, 86400, 60,
 io_form_auxinput2                   = 2,
 io_form_auxinput5                   = 2,
 io_form_auxinput6                   = 0,
 io_form_auxinput7                   = 2,
 io_form_auxinput8                   = 2,
 io_form_auxinput12                  = 0,
 io_form_auxinput13                  = 0,
 debug_level                         = 0,
 auxinput1_inname                    = "met_em.d<domain>.<date>",
/

 &dfi_control
/

 &domains
 time_step                           = 600,
 time_step_fract_num                 = 0,
 time_step_fract_den                 = 1,
 max_dom                             = 1,
 s_we                                =   1,    1,     1,
 e_we                                = 41,    41,    94,
 s_sn                                =   1,    1,     1,
 e_sn                                = 41,    41,    91,
 e_vert                              = 31,    31,    28,
 num_metgrid_levels                  = 27,
 num_metgrid_soil_levels             = 4,
 dx                                  = 100000, 4000,  3333.33,
 dy                                  = 100000, 4000,  3333.33,
 grid_id                             = 1,     2,     3,
 parent_id                           = 0,     1,     2,
 i_parent_start                      = 1,     6,    30,
 j_parent_start                      = 1,     65,    30,
 parent_grid_ratio                   = 1,     5,     3,
 parent_time_step_ratio              = 1,     5,     3,
 p_top_requested                     = 5000,
 feedback                            = 1,
 smooth_option                       = 0
 p_top_requested                     = 5000
 zap_close_levels                    = 50
 interp_type                         = 1
 t_extrap_type                       = 2
 force_sfc_in_vinterp                = 0
 use_levels_below_ground             = .true.
 use_surface                         = .true.
 lagrange_order                      = 1
 /
 sfcp_to_sfcp                        = .true.

 &physics
 mp_physics                          = 4,     2,     2,
 progn                               = 0,
 ra_lw_physics                       = 1,     1,     1,
 ra_sw_physics                       = 2,     1,     1,
 radt                                = 30,    30,    30,
 sf_sfclay_physics                   = 1,     1,     1,
 sf_surface_physics                  = 2,     2,     1,
 bl_pbl_physics                      = 1,     1,     1,
 bldt                                = 0,     0,     0,
 cu_physics                          = 5,     5,     0,
 cu_diag                             = 1,     0,     0,
 cudt                                = 0,     0,     0,
 ishallow                            = 0,
 isfflx                              = 1,
 ifsnow                              = 1,
 icloud                              = 1,
 surface_input_source                = 1,
 num_soil_layers                     = 4,
 sf_urban_physics                    = 0,     0,     0,
 mp_zero_out                         = 2,
 mp_zero_out_thresh                  = 1.e-12
 maxiens                             = 1,
 maxens                              = 3,
 maxens2                             = 3,
 maxens3                             = 16,
 ensdim                              = 144,
 cu_rad_feedback                     = .true.,
 /

 &fdda
 /

 &dynamics
 rk_ord                              = 3,
 w_damping                           = 1,
 diff_opt                            = 1,
 km_opt                              = 4,
 diff_6th_opt                        = 0,
 diff_6th_factor                     = 0.12,
 base_temp                           = 290.
 damp_opt                            = 0,
 zdamp                               = 5000.,  5000.,  5000.,
 dampcoef                            = 0.01,   0.01,   0.01
 khdif                               = 0,      0,      0,
 kvdif                               = 0,      0,      0,
 non_hydrostatic                     = .true., .true., .true.,
 moist_adv_opt                       = 2,      0,      0,
 scalar_adv_opt                      = 2,      0,      0,
 chem_adv_opt                        = 2,      0,      0,
 tke_adv_opt                         = 2,      0,      0,
 time_step_sound                     = 4,      4,      4,
 h_mom_adv_order                     = 5,      5,      5,
 v_mom_adv_order                     = 3,      3,      3,
 h_sca_adv_order                     = 5,      5,      5,
 v_sca_adv_order                     = 3,      3,      3,
 /

 &bdy_control
 spec_bdy_width                      = 5,
 spec_zone                           = 1,
 relax_zone                          = 4,
 specified                           = .true., .false.,.false.,
 nested                              = .false.,.false.,.false.,
 /

 &grib2
 /

 &namelist_quilt
 nio_tasks_per_group = 0,
 nio_groups = 1,
 /

 &chem
 kemit                               = 1,
 chem_opt                            = 301,
 bioemdt                             = 30,
 photdt                              = 30,
 chemdt                              = 10,
 io_style_emissions                  = 1,
 emiss_opt                           = 5,          0,
 emiss_opt_vol                       = 0,          0,
 emiss_ash_hgt                       = 20000.,
 chem_in_opt                         = 0,          0,
 phot_opt                            = 1,          0,
 gas_drydep_opt                      = 1,          1,
 aer_drydep_opt                      = 1,          1,
 bio_emiss_opt                       = 1,          0,
 ne_area                             = 1,
 depo_fact                           = 0.25,
 dust_opt                            = 1,
 dmsemis_opt                         = 1,
 seas_opt                            = 1,
 gas_bc_opt                          = 1,          0,
 gas_ic_opt                          = 1,          0,
 aer_bc_opt                          = 1,          0,
 aer_ic_opt                          = 1,          0,
 gaschem_onoff                       = 1,          0,
 aerchem_onoff                       = 1,          0,
 wetscav_onoff                       = 0,          0,
 cldchem_onoff                       = 0,          0,
 vertmix_onoff                       = 1,          0,
 chem_conv_tr                        = 1,          0,
 conv_tr_wetscav                     = 0,          0,
 conv_tr_aqchem                      = 0,          0,
 biomass_burn_opt                    = 1,          0,
 plumerisefire_frq                   = 30,         0,
 have_bcs_chem                       = .false., .false., .false.,
 aer_ra_feedback                     = 1,
 aer_op_opt                          = 0,
 opt_pars_out                        = 0,
 diagnostic_chem                     = 0,
 /
alba_badia
 
Posts: 11
Joined: Tue May 19, 2015 4:08 am

Re: Run WRF-Chemv3.7 with PREP-CHEM-SRC v1.3.2

Postby alba_badia » Fri May 22, 2015 5:51 am

My error list is:

Code: Select all
taskid: 0 hostname: cn118.private.dns.zone
 Ntasks in X             1 , ntasks in Y             1
WRF-CHEM V3.7 EMISSIONS PREPROCESSOR
 *************************************
 Parent domain
 ids,ide,jds,jde             1           41            1           41
 ims,ime,jms,jme            -4           46           -4           46
 ips,ipe,jps,jpe             1           41            1           41
 *************************************
DYNAMICS OPTION: Eulerian Mass Coordinate
   alloc_space_field: domain             1 ,                 389480372  bytes allocated
 open file wrfinput_d01
  med_initialdata_input: calling input_input
Timing for processing wrfinput file (stream 0) for domain        1:    0.03791 elapsed seconds
INPUT LandUse = "USGS"
 LANDUSE TYPE = "USGS" FOUND           33  CATEGORIES            2  SEASONS WATER CATEGORY =            16  SNOW CATEGORY =            24
INITIALIZE THREE Noah LSM RELATED TABLES
 LANDUSE TYPE = USGS FOUND           27  CATEGORIES
 INPUT SOIL TEXTURE CLASSIFICATION = STAS
 SOIL TEXTURE CLASSIFICATION = STAS FOUND           19  CATEGORIES
*********************************************************************
*             PROGRAM:WRF/CHEM V3.7 MODEL
*                                                                   *
*    PLEASE REPORT ANY BUGS TO WRF/CHEM HELP at                     *
*                                                                   *
*              wrfchemhelp.gsd@noaa.gov                             *
*                                                                   *
*********************************************************************
WARNING: dust option 1 currently works only with the GOCART aerosol option.
WARNING: sea salt option 1 currently works only with the GOCART aerosol option.
  call madronich phot initialization
   past opening wrfinput_d01
   READ GOCART BACKGROUND DATA
   PAST  GOCART BACKGROUND DATA
   OPEN  GOCART BACKGROUND DATA WRF file
  GOCART BACKGROUND DATA file name: wrfchemi_gocart_bg_d01
 Paso aqui  g global anthropogenic emissions, dims: =     1    40     1    40
 OPENED FILE: emissopt3_d01
 OPEN EMISSIONS WRF files for emissions coming from global data set
 TRY TO OPEN FILE: emissfire_d01
  calling fire emissions
 Number of fire emissions:         37
 FIRE EMISSIONS INPUT FILE TIME PERIOD (GMT):       -1 TO        0
 NOW OPEN FILE FOR WRITE: wrffirechemi_d01
 FIRE EMISSIONS OUTPUT file name: wrffirechemi_d01
   EMISSIONS CONVERSION : end of program



The executable ./convert_emiss.exe seems to work, opening the emissions files, reading.. but the files (wrfchemi_d01, etc) are created with no variables.

When I debug the model there is no much information, the only interesting message that I get is:

Information: NOFILL being set for writing to wrfchemi_gocart_bg_d01
..
Information: NOFILL being set for writing to wrfchemi_d01

Could this error be related to some limitation in the auxinput5 for wrfchemi_d01 or auxinput8 for wrfchemi_gocart_bg_d01? As I see that the executable convert_emiss.exe is bigger in the version 3.7 than version 3.6.1 (the one that works perfectly!!).

Cheers!

Alba
alba_badia
 
Posts: 11
Joined: Tue May 19, 2015 4:08 am

Re: Run WRF-Chemv3.7 with PREP-CHEM-SRC v1.3.2

Postby jralisse » Tue Jun 16, 2015 5:47 am

Hi - I have exactly the same problem.
I use exatly the same namelist.input file. Is there something missing in it?

Thanks for your help,

JRA
jralisse
 
Posts: 4
Joined: Wed Oct 22, 2014 2:32 am

Re: Run WRF-Chemv3.7 with PREP-CHEM-SRC v1.3.2

Postby alba_badia » Wed Jun 17, 2015 4:31 am

Hi JRA,

I am still stuck on this... No idea why the executable "convert_emiss.exe" of the new version WRF-chem3.7 is not working properly. Please if someone know how to fix it could you post here the solution?

Cheers,

Alba
alba_badia
 
Posts: 11
Joined: Tue May 19, 2015 4:08 am

Re: Run WRF-Chemv3.7 with PREP-CHEM-SRC v1.3.2

Postby easy » Sat Jul 18, 2015 10:38 am

I also found the same problem. How can you debug to find the information 'NOFILL being set for writing to wrfchemi_gocart_bg_d01'. Does version 3.6 can work?

Cheers,

easy
easy
 
Posts: 10
Joined: Sun Jun 07, 2015 10:26 pm

Next

Return to Runtime Problems

Who is online

Users browsing this forum: No registered users and 3 guests