metgrid.exe error - missing values

Having problems running the WRF Preprocessing System (WPS)?

metgrid.exe error - missing values

Postby brro8458 » Thu Apr 19, 2018 8:15 pm

Hi all,

I have successfully compiled WRFv3.9.1 and WPSv3.9.1. Geogrid.exe was run successfully. When I attempt to run metgrid.exe, I get the following output:

Code: Select all
Processing domain 1 of 2
 Processing 2015-07-16_00
    FILE
WARNING: Field HGTTROP has missing values at level 200100 at (i,j)=(1,133)
WARNING: Field TTROP has missing values at level 200100 at (i,j)=(1,133)
WARNING: Field PTROP has missing values at level 200100 at (i,j)=(1,133)
WARNING: Field VTROP has missing values at level 200100 at (i,j)=(1,133)
WARNING: Field UTROP has missing values at level 200100 at (i,j)=(1,113)
WARNING: Field HGTMAXW has missing values at level 200100 at (i,j)=(1,133)
WARNING: Field TMAXW has missing values at level 200100 at (i,j)=(1,133)
WARNING: Field PMAXW has missing values at level 200100 at (i,j)=(1,133)
WARNING: Field VMAXW has missing values at level 200100 at (i,j)=(1,133)
WARNING: Field UMAXW has missing values at level 200100 at (i,j)=(1,113)
ERROR: Missing values encountered in interpolated fields. Stopping.
Note: The following floating-point exceptions are signalling: IEEE_OVERFLOW_FLAG IEEE_UNDERFLOW_FLAG IEEE_DENORMAL


Ungrib.exe has also reported to have completed successfully. The ungrib output reports that the variables that were said to have missing values were at least found at level 200100 (shown by the X's in the segment of output below).

Code: Select all
Inventory for date = 2015-07-16 00:00:00

PRES   TT       UU       VV       RH       HGT      PSFC     PMSL     SM000010 SM010040 SM040100 SM100200 SM010200 ST000010 ST010040 ST040100 ST100200 ST010200 SEAICE   LANDSEA  LANDN    SOILHGT  SKINTEMP SNOW     SNOWH    UMAXW    VMAXW    PMAXW    PMAXWNN  TMAXW    HGTMAXW  UTROP    VTROP    PTROP    PTROPNN  TTROP    HGTTROP
-------------------------------------------------------------------------------
2013.0  O        O        O        O        O        O        X        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O        O
2001.0  X        X        X        X        O        X        O        X        X        X        X        O        X        X        X        X        O        X        X        O        X        X        X        O        X        X        X        O        X        X        X        X        X        O        X        X
1000.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 975.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 950.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 925.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 900.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 850.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 800.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 750.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 700.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 650.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 600.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 550.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 500.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 450.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 400.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 350.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 300.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 250.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 200.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 150.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
 100.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
  70.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
  50.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
  30.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
  20.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
  10.0  X        X        X        X        X                                                                                                                                                                                                                                                                         
-------------------------------------------------------------------------------


Here is my namelist.wps:
Code: Select all
&share
 wrf_core = 'ARW',
 max_dom = 2,
 start_date = '2015-07-16_00:00:00','2015-07-16_00:00:00',
 end_date   = '2015-09-07_18:00:00','2015-09-07_18:00:00',
 interval_seconds = 21600
 io_form_geogrid = 2,
/

&geogrid
 parent_id         =   1,   1,
 parent_grid_ratio =   1,   4,
 i_parent_start    =   1,  67,
 j_parent_start    =   1,  67,
 e_we              =  160, 113,
 e_sn              =  160,  113,

 geog_data_res = 'gtopo_2m+usgs_2m+nesdis_greenfrac+2m','gtopo_30s+usgs_30s+nesdis_greenfrac+30s',
 dx = 4000,
 dy = 4000,
 map_proj = 'lambert',
 ref_lat   =  28.0338,
 ref_lon   =  77.2786,
 truelat1  =  26.0,
 truelat2  =  32.5,
 stand_lon =  77,
 geog_data_path = '/home/brooney/WRF/Build_WRF/WPS_GEOG/'
/

&ungrib
 out_format = 'WPS',
 prefix = 'FILE',
/

&metgrid
 fg_name = 'FILE'
 io_form_metgrid = 2,
/


I am using the NCEP GDAS/FNL 0.25 Degree Global Tropospheric Analyses and Forecast Grids ds083.3 data set. (I received data for 74-81 deg W and 25-31 deg N.)

I have previously successfully run WPS for v3.7, with the same namelist.wps, grid, and data, so I'm not sure why there are now missing values. My domain should be entirely within the data set as it was before with v3.7. Cells (1,133) and (1,113) are somewhere along an edge, but not at and endpoint so it doesn't seem to make sense for it suddenly to miss a value.

Can anyone help me out?
Thanks,
Brigitte
brro8458
 
Posts: 4
Joined: Thu Apr 19, 2018 7:57 pm

Re: metgrid.exe error - missing values

Postby brro8458 » Tue Apr 24, 2018 5:56 pm

--Solved--

I updated my input data set to NCEP GDAS/FNL 0.25 Degree Global Tropospheric Analyses and Forecast Grids, ds083.3.

It seems the NCEP dat may also have been updated. So I believe between that update, or the WRF version update from v3.7 and v3.9, something got a bit messed up. So redownloading the NCEP data set and running WPS with that has been successful.
brro8458
 
Posts: 4
Joined: Thu Apr 19, 2018 7:57 pm

Re: metgrid.exe error - missing values

Postby xujianhui1402 » Wed Apr 29, 2020 10:34 pm

Hi,
I got the same error but i used the global FNL-data(ds083.0) and i tried to download these data many times.

Code: Select all
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_XLAT_M                                                                                                                                                                         
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_XLONG_M                                                                                                                                                                       
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_XLAT_V                                                                                                                                                                         
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_XLONG_V                                                                                                                                                                       
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_XLAT_U                                                                                                                                                                         
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_XLONG_U                                                                                                                                                                       
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_CLAT                                                                                                                                                                           
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_CLONG                                                                                                                                                                         
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_MAPFAC_M                                                                                                                                                                       
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_MAPFAC_V                                                                                                                                                                       
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_MAPFAC_U                                                                                                                                                                       
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_MAPFAC_MX                                                                                                                                                                     
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_MAPFAC_VX                                                                                                                                                                     
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_MAPFAC_UX                                                                                                                                                                     
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_MAPFAC_MY                                                                                                                                                                     
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_MAPFAC_VY                                                                                                                                                                     
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_MAPFAC_UY                                                                                                                                                                     
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_E                                                                                                                                                                             
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_F                                                                                                                                                                             
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_SINALPHA                                                                                                                                                                       
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_COSALPHA                                                                                                                                                                       
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_LANDMASK                                                                                                                                                                       
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_LANDUSEF                                                                                                                                                                       
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_LU_INDEX                                                                                                                                                                       
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_HGT_M                                                                                                                                                                         
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_SOILTEMP                                                                                                                                                                       
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_SOILCTOP                                                                                                                                                                       
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_SCT_DOM                                                                                                                                                                       
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_SOILCBOT                                                                                                                                                                       
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_SCB_DOM                                                                                                                                                                       
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_ALBEDO12M                                                                                                                                                                     
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_GREENFRAC                                                                                                                                                                     
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_SNOALB                                                                                                                                                                         
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_SLOPECAT                                                                                                                                                                       
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_CON                                                                                                                                                                           
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_VAR                                                                                                                                                                           
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_OA1                                                                                                                                                                           
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_OA2                                                                                                                                                                           
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_OA3                                                                                                                                                                           
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_OA4                                                                                                                                                                           
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_OL1                                                                                                                                                                           
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_OL2                                                                                                                                                                           
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_OL3                                                                                                                                                                           
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_OL4                                                                                                                                                                           
 WRF_DEBUG: NetCDF error: NetCDF: Attribute not found
 WRF_DEBUG: NetCDF error in ext_ncd_get_dom_ti.code INTEGER, line          83  Element FLAG_VAR_SSO                                                                                                                                                                       
 Processing 1998-05-24_00
    FILE
    SFC
INFORM: GHT at level 200100.000000 already exists; leaving it alone.
INFORM: LANDSEA at level 200100.000000 already exists; leaving it alone.
INFORM: PSFC at level 200100.000000 already exists; leaving it alone.
INFORM: RH at level 200100.000000 already exists; leaving it alone.
INFORM: VV at level 200100.000000 already exists; leaving it alone.
INFORM: UU at level 200100.000000 already exists; leaving it alone.
INFORM: TT at level 200100.000000 already exists; leaving it alone.
INFORM: Going to create the field ST
INFORM: Couldn't find ST010040 at level 200100.000000 to fill level 40.000000 of ST.
INFORM: Couldn't find ST040100 at level 200100.000000 to fill level 100.000000 of ST.
INFORM: Couldn't find ST100200 at level 200100.000000 to fill level 200.000000 of ST.
INFORM: ST at level 10.000000 already exists; leaving it alone.
INFORM: Couldn't find ST010035 at level 200100.000000 to fill level 35.000000 of ST.
INFORM: Couldn't find ST035100 at level 200100.000000 to fill level 100.000000 of ST.
INFORM: Couldn't find ST100300 at level 200100.000000 to fill level 300.000000 of ST.
INFORM: ST at level 10.000000 already exists; leaving it alone.
INFORM: Couldn't find ST000007 at level 200100.000000 to fill level 7.000000 of ST.
INFORM: Couldn't find ST007028 at level 200100.000000 to fill level 28.000000 of ST.
INFORM: Couldn't find ST028100 at level 200100.000000 to fill level 100.000000 of ST.
INFORM: Couldn't find ST100255 at level 200100.000000 to fill level 255.000000 of ST.
INFORM: Going to create the field SM
INFORM: Couldn't find SM010040 at level 200100.000000 to fill level 40.000000 of SM.
INFORM: Couldn't find SM040100 at level 200100.000000 to fill level 100.000000 of SM.
INFORM: Couldn't find SM100200 at level 200100.000000 to fill level 200.000000 of SM.
INFORM: SM at level 10.000000 already exists; leaving it alone.
INFORM: Couldn't find SM010035 at level 200100.000000 to fill level 35.000000 of SM.
INFORM: Couldn't find SM035100 at level 200100.000000 to fill level 100.000000 of SM.
INFORM: Couldn't find SM100300 at level 200100.000000 to fill level 300.000000 of SM.
INFORM: SM at level 10.000000 already exists; leaving it alone.
INFORM: Couldn't find SM000007 at level 200100.000000 to fill level 7.000000 of SM.
INFORM: Couldn't find SM007028 at level 200100.000000 to fill level 28.000000 of SM.
INFORM: Couldn't find SM028100 at level 200100.000000 to fill level 100.000000 of SM.
INFORM: Couldn't find SM100255 at level 200100.000000 to fill level 255.000000 of SM.
INFORM: Going to create the field SW
INFORM: Couldn't find SW000010 at level 200100.000000 to fill level 1.000000 of SW.
INFORM: Couldn't find SW010040 at level 200100.000000 to fill level 2.000000 of SW.
INFORM: Couldn't find SW040100 at level 200100.000000 to fill level 3.000000 of SW.
INFORM: Couldn't find SW100200 at level 200100.000000 to fill level 4.000000 of SW.
INFORM: Couldn't find SW000010 at level 200100.000000 to fill level 1.000000 of SW.
INFORM: Couldn't find SW010200 at level 200100.000000 to fill level 2.000000 of SW.
INFORM: Going to create the field SOIL_LAYERS
INFORM: Going to create the field SOILM
INFORM: Couldn't find SOILM000 at level 200100.000000 to fill level 0.000000 of SOILM.
INFORM: Couldn't find SOILM005 at level 200100.000000 to fill level 5.000000 of SOILM.
INFORM: Couldn't find SOILM020 at level 200100.000000 to fill level 20.000000 of SOILM.
INFORM: Couldn't find SOILM040 at level 200100.000000 to fill level 40.000000 of SOILM.
INFORM: Couldn't find SOILM160 at level 200100.000000 to fill level 160.000000 of SOILM.
INFORM: Couldn't find SOILM300 at level 200100.000000 to fill level 300.000000 of SOILM.
INFORM: Going to create the field SOILT
INFORM: Couldn't find SOILT000 at level 200100.000000 to fill level 0.000000 of SOILT.
INFORM: Couldn't find SOILT005 at level 200100.000000 to fill level 5.000000 of SOILT.
INFORM: Couldn't find SOILT020 at level 200100.000000 to fill level 20.000000 of SOILT.
INFORM: Couldn't find SOILT040 at level 200100.000000 to fill level 40.000000 of SOILT.
INFORM: Couldn't find SOILT160 at level 200100.000000 to fill level 160.000000 of SOILT.
INFORM: Couldn't find SOILT300 at level 200100.000000 to fill level 300.000000 of SOILT.
INFORM: Couldn't find SOILT050 at level 200100.000000 to fill level 49.000000 of SOILT.
INFORM: Couldn't find SOILT050 at level 200100.000000 to fill level 51.000000 of SOILT.
INFORM: Going to create the field SOIL_LEVELS
INFORM: Going to create the field PRES
INFORM: PRES at level 200100.000000 already exists; leaving it alone.
WARNING: Field PRES has missing values at level 200100 at (i,j)=(1,1)
WARNING: Field GHT has missing values at level 200100 at (i,j)=(1,1)
WARNING: Field SOILHGT has missing values at level 200100 at (i,j)=(1,1)
WARNING: Field PSFC has missing values at level 200100 at (i,j)=(1,1)
WARNING: Field PMSL has missing values at level 201300 at (i,j)=(1,1)
INFORM: Field LANDSEA.mask does not have a valid mask and will not be checked for missing values
ERROR: Missing values encountered in interpolated fields. Stopping.


what should i do , i'm so puzzled. :cry:
xujianhui1402
 
Posts: 1
Joined: Wed Apr 29, 2020 9:59 pm


Return to Runtime Problems

Who is online

Users browsing this forum: No registered users and 3 guests