Multiple Nesting real.exe seg fault

Discuss the nesting capability within the model itself and any problems you might have run into.

Multiple Nesting real.exe seg fault

Postby RomanWRF » Wed Jun 23, 2010 9:29 pm

Hi,

I'm having a problem to run the preprocessor real.exe since I added a second two-way nested domain to a perfectly running telescopic 2-way nesting (3 domains) parameterization. That means setting

max_dom = 3: no problems
max_dom = 4: real.exe throws segmentation faults

Please find the details in the namelist files.

namelist.wps
Code: Select all
&share
wrf_core =    'ARW',
max_dom = 4,
start_date   = '2007-12-30_12:00:00', '2007-12-30_12:00:00', '2007-12-30_12:00:00', '2007-12-30_12:00:00',
end_date = '2008-01-01_00:00:00', '2008-01-01_00:00:00', '2008-01-01_00:00:00', '2008-01-01_00:00:00',
interval_seconds = 21600,
io_form_geogrid   = 2,
opt_output_from_geogrid_path = '/VOLUMES/DATA1/domains/SVALGLAC/TEST/',
debug_level = 0,
/

&geogrid
parent_id   = 1, 1, 2, 2,
parent_grid_ratio = 1, 3, 5, 5,
i_parent_start =   1, 43, 16, 3,
j_parent_start =   1, 36, 33, 30,
e_we = 99, 49, 106, 46,
e_sn    = 99, 52, 86, 66,
geog_data_res = '30s', '30s', '30s', '30s',
dx = 30000,
dy = 30000,
map_proj   =  'polar',
ref_lat = 80,
ref_lon = 20,
truelat1 = 70,
truelat2 = 90,
stand_lon = 20,
geog_data_path    = '/VOLUMES/DATA1/geo/',
opt_geogrid_tbl_path   = '/home/WPS/geogrid/',
ref_x    = 49.5,
ref_y    = 49.5,
/

&ungrib
out_format    = 'WPS',
prefix = 'FILE',
/

&metgrid
fg_name            =   'FILE',
io_form_metgrid         =   2,
opt_output_from_metgrid_path   =   '/VOLUMES/DATA1/domains/SVALGLAC/TEST/',
opt_metgrid_tbl_path      =   '/home/WPS/metgrid/',
/

&mod_levs
press_pa   = 201300 , 200100 , 100000 ,
         95000 ,  90000 ,
         85000 ,  80000 ,
         75000 ,  70000 ,
         65000 ,  60000 ,
         55000 ,  50000 ,
         45000 ,  40000 ,
         35000 ,  30000 ,
         25000 ,  20000 ,
         15000 ,  10000 ,
         5000 ,   1000
/


namelist.input
Code: Select all
&time_control           
run_days      =   1,
run_hours      =   12,
run_minutes      =   0,
run_seconds      =   0,
start_year      =   2007,   2007,   2007,   2007,
start_month      =   12,   12,   12,   12,
start_day      =   30,   30,   30,   30,
start_hour      =   12,   12,   12,   12,
start_minute      =   00,   00,   00,   00,
start_second      =   00,   00,   00,   00,
end_year      =   2008,   2008,   2008,   2008,
end_month      =   01,   01,   01,   01,
end_day         =   01,   01,   01,   01,
end_hour      =   00,   00,   00,   00,
end_minute      =   00,   00,   00,   00,
end_second      =   00,   00,   00,   00,
interval_seconds   =   21600,
input_from_file      =   .T.,   .T.,   .T.,   .T.,
fine_input_stream   =   0,   0,   0,   0,
history_interval   =   180,   60,   60,   60,
frames_per_outfile   =   1000,   1000,   1000,   1000,
restart         =   .F.,
restart_interval   =   5000,
io_form_history      =   2,
io_form_restart      =   2,
io_form_input      =   2,
io_form_boundary   =   2,
debug_level      =   0,
/

&domains                 
time_step      =   150,
time_step_fract_num   =   0,
time_step_fract_den   =   1,
max_dom         =   4,
s_we         =   1,   1,   1,   1,
e_we         =   99,   49,   106,   46,
s_sn         =   1,   1,   1,   1,
e_sn         =   99,   52,   86,   66,
s_vert         =   1,   1,   1,   1,
e_vert         =   28,   28,   28,   28,
num_metgrid_levels   =   27,
dx         =   30000,   10000,   2000,   2000,
dy         =   30000,   10000,   2000,   2000,
grid_id         =   1,   2,   3,   4,
parent_id      =   1,   1,   2,   2,
i_parent_start      =   1,   43,   16,   3,   
j_parent_start      =   1,   36,   33,   30,
parent_grid_ratio   =   1,   3,   5,   5,
parent_time_step_ratio   =   1,   3,   5,   5,
feedback      =   1,
smooth_option      =   0,
/

&physics                 
mp_physics      =   8,   8,   8,   8,
ra_lw_physics      =   1,   1,   1,   1,
ra_sw_physics      =   1,   1,   1,   1,
radt         =   30,   10,   2,   2,
sf_sfclay_physics   =   2,   2,   2,   2,
sf_surface_physics   =   3,   3,   3,   3,
bl_pbl_physics      =   2,   2,   2,   2,
bldt         =   0,   0,   0,   0,
cu_physics      =   1,   1,   0,   0,
cudt         =   5,   1,   1,   1,
isfflx         =   1,
icloud         =   1,
surface_input_source   =   1,
num_soil_layers      =   6,
mp_zero_out      =   0,
maxiens         =   1,
maxens         =   3,
maxens2         =   3,
maxens3         =   16,
ensdim         =   144,
/

&fdda                   
/

&dynamics               
rk_ord         =   3,
w_damping      =   1,
diff_opt      =   1,
km_opt         =   4,
base_temp      =   290.,
damp_opt      =   0,
zdamp         =    5000.,   5000.,   5000.,   5000.,
dampcoef      =   0.01,   0.01,   0.01,   0.01,
khdif         =   0,   0,   0,   0,
kvdif         =   0,   0,   0,   0,
smdiv         =   0.1,   0.1,   0.1,   0.1,
emdiv         =   0.01,   0.01,   0.01,   0.01,
epssm         =   0.1,   0.1,   0.1,   0.1,
time_step_sound      =   4,   4,   4,   4,
non_hydrostatic      =   .T.,   .T.,   .T.,   .T.,
moist_adv_opt      =   1   1,   1,   1,
/

&bdy_control             
spec_bdy_width      =   5,
spec_zone      =   1,
relax_zone      =   4,
specified      =   .T.,   .F.,   .F.,   .F.,
nested         =   .F.,   .T.,   .T.,   .T.,
/

&grib2                   
/

&namelist_quilt         
nio_tasks_per_group   =   0,
nio_groups      =   1,
/


I compiled the WRF 3.1.1 code with "x86_64 Linux, gfortran compiler with gcc (smpar)" and "1=basic" nesting options. All WPS tools (geogrid.exe, ungrib.exe and metgrid.exe) work fine with the multiple nesting and the met_em-files look good. Only real.exe (i.e. namelist.input) has a problem. Did I something wrong in namelist.input? I also tried to set "ulimit -s unlimited" what brought no improvements. Any ideas, suggestions, hints, etc.? Thanks, Roman
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Re: Multiple Nesting real.exe seg fault

Postby alainaketh » Tue Feb 23, 2016 11:00 pm

The only thing I can think of is that your last nested grid is out of bound of the parent grid. You're working with polar coordinates so you have to be very careful when calculating dx and dy. Also, check that i_parent_start and j_parent_start have to fit INSIDE the parent domain.

For anyone reading this, you may want to have a look at my other post viewtopic.php?f=24&t=9185&p=25868#p25868 to know how to set i_parent_start, j_parent_start, e_we, and e_sn.
alainaketh
 
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